新型肥料微生物菌肥的主要作用：

能够直接或间接地为作物生长提供必需的营养成分；调节土壤酸碱度、改良土壤结构、改善土壤理化性质和生物学特性；调节或改善作物的生长机制；改善肥料品质、性质或能提高肥料的利用率。

按其本身性质和功能可分为大致五类：

微量元素肥料：具有一种或几种微量元素标明量的肥料。这类肥料中含有一种或几种对作物生长发育所必需的、但需要量很少的营养元素，包括锰、硼、锌、钼、铁、铜等。市场上主要的品种有：硫酸锰、硼砂（硼酸）、硫酸锌、钼酸铵、硫酸亚铁、硫酸铜及各种微量元素混合的肥料。
       

微生物肥料：由一种或数种有益微生物、培养基质和添加剂培制而成的生物性肥料，通常也叫菌剂或菌肥，包括固氮菌类、磷细菌、钾细菌、抗生菌类，还有具有加速有机肥堆腐速度、除臭等功能的微生物菌剂。微生物肥料除含有生物性活性的微生物以外，还含有调节植物生长的多种调节剂、复合菌剂和复合微生物肥料。
       

调节剂类：用于改善土壤的物理、化学和生物学性质和植物生长机制的物质。主要类型有土壤调理剂、植物生长调节剂类。
       

氨基酸肥料：能够提供各种氨基酸类营养物质的物料统称为氨基酸类肥料。目前主要是利用动物皮毛和下脚料经水解后加工而成，也有利用微生物转换化生产氨基酸肥料。市场上氨基酸肥料多为氨基酸和微量元素等复合（络合）而成的复合氨基酸肥料。
       

腐植酸肥料：富含腐植酸和标明一定无机养分的肥料。以泥炭（草炭）、褐煤、风化煤、秸秆和木屑等为主要原料，经过化学处理或再掺入无机肥料而制成。主要肥料品种有：腐植酸铵、生化黄腐酸和腐植酸复合肥。